了，急忙带着护卫跑到了秦岭的终南山石门镇避难。
不久李克用大军终于赶到了关中，他和昭宗短暂的交流之后，就开始正式平叛，第一站是华州韩建。
韩建看到李克用的大军到了城下，登上华州城楼呼喊着说：“我对李公（李克用）不曾失礼，老老实实，本本分分，为什么要打我？”
李克用派人对他说：“你是大唐的臣子，却逼迫驱赶皇帝，你这样如果还算有礼，那么天下还有谁是无礼呢？”
恰巧这时有消息传来，说的是，李茂贞带领军队三万已经出发了，王行瑜率领军队到达兴平，都想迎接唐昭宗的车驾，李克用于是解除对华州的围攻，把军队开赴渭桥安营扎寨。
而韩建则因为认错态度端正，李克用暂时放过了她，随后急忙带着大军去帮助昭宗。
李克用让他的干儿子李存贞为先锋进攻永寿，又派大将史俨带领三千骑兵前赴石门护卫唐昭宗。
李茂贞一看李克用这架势，他知道自己绝对不是李克用的对手，急忙杀了他的干儿子李继鹏，把李继鹏的脑袋送到了在石门的唐昭宗，然后上表请求皇帝治罪。
其实谁都知道，所谓的上表请求治罪不过是一种策略而已，谁也不想着皇帝真的把自己治罪了。
而唐昭宗自然也懂得，不过他心中虽然对李茂贞十分的不满意，可是现在战事紧张，还有一个王行瑜仍在负隅顽抗，所以集中优势兵力拿下王行瑜才是当务之急，李茂贞可以先放一放。
而就在这个时候还发生一件小事。这一次李克用出征还带来了他的儿子李存勖，此时的李存勖仅仅11岁，李克用见了李存勖之后就说：“你这小孩将来一定是国家栋梁，不要忘了为大唐尽忠啊！”随后赏赐很多，而昭宗还对李存勖做了一个评价：“此子可亚其父”意思就是说，这个小家伙，将来能超过他的父亲。这就是李存勖小名李亚子的由来。
李克用暂时答应李茂贞的求和，然后集中兵力进攻王行瑜，李克用先在梨园、龙泉镇等地击败了王行瑜，随后王行瑜退到了自己的老巢邠州，李克用毫不留情，迅速带着大军将邠州城团团围住。
王行瑜一看这打不过了，于是就想投降，爬到城楼上哭着对李克用喊道：“我王行瑜没有过错，挟持昭宗那都是李茂贞和李继鹏干的事，跟我没有一点关系，你应该去打李茂贞，我王行瑜愿意自己把自己绑着去找昭宗请罪，你就不用管了！”
李克用听了这话，哈哈大笑，回答道：“你真是太谦虚了，这谋逆的大事怎么能说没你的份呢！”随即又正色道：“我奉命讨伐你和李茂贞、韩建三个叛贼，你就是其中一个，你想自己把自己捆着找昭宗，我可做不了主！”
这句话的言外之意就是你现在要么出城我李克用，投降要么我攻进去，抓住你王行瑜。
这样一来王行瑜觉得在李克用这里没什么活路了，要是自己被抓了，估计也活不了，干脆逃吧，于是就带着全家弃城而逃。
李克用随即带领大军进入邠州城，而王行瑜跑到庆州（甘肃庆阳）境内，被部下杀死。
平定邠、宁二州的王行瑜之后，李克用带着大军在渭州(今甘肃平凉)北部驻扎，朝廷封其为晋王，对其部将及子孙都是升官加爵，而且就算是普通的小兵，也能领到不少的赏银。
本来李克用准备一鼓作去把李茂贞拿下，因为在李克用看来李茂贞将是祸乱关中的罪魁祸首，所以现在之后拿下了李茂贞才能使关中永保太平。
可是昭宗觉得，李茂贞可以用来牵制李克用，要是李克用灭了李茂贞，估计他就要落在李克用的手里了，所以就没同意。李克用知道昭宗的想法，也就没再坚持，乾宁二年（公元895年）十二月，李克用在关中数月之后返回晋阳。（未完待续）